Неодамнешна метагеномска студија откри извонредно разновиден спектар на вируси и бактерии што ги носат глодарите во покраината Хејлонгѓанг, вклучувајќи го вирусот Ласа, вирусот Амур, салмонела и Yersinia pestis.
Истражувањето го користешеКомплет за збогатување на РНК на патогени од Macro & Micro-Test, базирано на технологија за снимање со сонди. Со селективно осиромашување на rRNA на домаќинот и други конзервирани фрагменти од домаќинот, методот ефикасно ја задржа микробната РНК, значително подобрувајќи ја чувствителноста на откривање на патогени. Овој чекор на збогатување на РНК на патогени беше клучен за постигнување висока стапка на откривање и обезбеди силна техничка поддршка за надзор на патогени.
Глодари: Клучни резервоари на зоонотски болести
Глодарите се најбогатата со видови и најраспространетата група цицачи, опфаќајќи повеќе од 2.000 видови ширум светот и сочинуваат над 40% од сите видови цицачи.
Покрај нивното еколошко значење, глодарите служат како главни резервоари и вектори на бројни зоонози патогени.Бидејќи живеалиштата на глодарите често се преклопуваат со човечката средина - преку директни каснувања, контакт со екскрети или индиректно пренесување преку болви и грини - патогените што ги кријат претставуваат постојана закана за јавното здравје.
Имено, повеќе од 70% од новите заразни болести потекнуваат од дивиот свет, а глодарите претставуваат еден од најзначајните резервоари на вируси.
Граничен регион Хејлонгѓанг: Прва линија за надзор на патогени
Хејлонгѓанг, погранична провинција во североисточна Кина, поседува изобилство еколошки ресурси и граничи со повеќе земји. Комбинацијата од богат биодиверзитет и често прекугранично движење на населението создава поволни услови за пренесување на патогени.
Помеѓу јуни и јули 2021 година, истражувачите собрале 67 диви глодари од градот Хенгдаохези, градот Муданџијанг. Примероците вклучувале:
л 20Полуостровот Аподемус
л 47Myodes rufocanus
Сите примероци се заробени во станбени области и околните земјоделски површини, истакнувајќи го блискиот интерфејс помеѓу човечките населби и живеалиштата на дивиот свет.
Технологија за збогатување на патогени: Надминување на интерференцијата од позадината на домаќинот
При метагеномското секвенционирање, РНК-та на домаќинот обично доминира во читањата на секвенционирањето, маскирајќи ги сигналите на патогени со мала застапеност.
За да се справи со овој предизвик, студијата користешеКомплет за детекција на метагеномски патогени од Macro & Micro-Test. Користејќи технологија за снимање на сонди, специјално дизајнираните сонди се врзуваат за rRNA на домаќинот и конзервираните секвенци, овозможувајќи нивно осиромашување и со тоа збогатување на микробната РНК.
Овој пристап значително ја подобри чувствителноста на откривање на патогени, овозможувајќи низводно секвенционирање да се добие поголем дел од прочитаните патогени. Чекорот на збогатување постави солидна основа за прецизно карактеризирање на спектарот на патогени што го носат глодарите.
По збогатувањето, примероците од РНК беа подложени на обратна транскрипција, изградба на библиотека и секвенционирање со висок проток. Биоинформатичката анализа вклучуваше:
l Филтрирање на геномот на домаќинот
l Таксономска класификација со користење на Kraken2
l Корекција на изобилство со Bracken
Овој работен тек генерираше сеопфатен профил на вирусни и бактериски заедници.
Резултати од истражувањето: Ко-циркулација на повеќе вируси и бактерии
Вирусни наоди
Откриените вируси припаѓале на 21 вирусни семејства, вклучувајќиАренавиридаиХантавирида.
Прекуде новоСо склопување со помош на Megahit, беа генерирани 154 вирусни контизи, од кои 110 се усогласија со 19 вируси од осум семејства.
In Полуостровот Аподемус, идентификувани се следниве вируси:
l Аренавируси: Ласа вирус, вирус Венжу, вирус Гаиро
l Хантавируси: Амур вирус, Пумала вирус
In Myodes rufocanus, Откриени се артеривирус кај стаорци и вирус Амур.
Меѓу овие патогени:
l Вирусот Ласа е предизвикувачки агенс на вирусна хеморагична треска, со стапка на смртност што достигнува приближно 20%.
l Амур вирусот е еден од патогените одговорни за хеморагична треска со бубрежен синдром (HFRS). Кина пријавува најголем глобален товар на инфекции со хантавирус.
Бактериски наоди
Анотирани се вкупно 1.051 бактериски родови.
Најзастапени родови беа:
лСалмонела(26–31%)
лЈерсинија(11–23%)
Салмонелае главен патоген што се пренесува преку храна, одговорен за околу 9 милиони случаи на тифусна треска и приближно 110.000 смртни случаи годишно низ целиот свет.
Јерсиниа пестис, предизвикувачкиот агенс на чума, е одговорен за три историски пандемии. Провинцијата Хејлонгѓанг е препознаена како едно од природните жаришта на чума во Кина и останува приоритетен регион за надзор на чумата.
Значење на студијата
Научни придонеси
Оваа студија претставува прв извештај за фрагменти од вирусот Ласа и вирусот на артеритис кај стаорци кај глодари од Хејлонгѓанг, проширувајќи ја базата на податоци за патогени што се пренесуваат преку глодари во Кина.
Систематски ги карактеризира вирусните и бактериските заедници во локалните популации на глодари, обезбедувајќи основни податоци за надзор на зоонотските болести во пограничните региони.
Импликации врз јавното здравје
Наодите ја истакнуваат потребата од континуиран надзор и скрининг на патогениA. peninsulaeиM. rufocanus.
Податоците даваат научни докази што ги поддржуваат стратегиите за контрола на изворот на болести како што се чума и хеморагична треска со бубрежен синдром.
Методолошки предности
Метагеномското секвенционирање овозможува непристрасно откривање и на познати и на нови патогени.
Во оваа студија, технологијата за збогатување на патогени на Macro & Micro-Test покажа силни перформанси, ефикасно подобрувајќи ја детекцијата на целните патогени во сложени биолошки примероци. Резултатите ја потврдуваат нејзината способност да поддржи идентификација на патогени со висока чувствителност во надзорот на дивиот свет.
Препорака за производ
Врз основа на неговата успешна примена во оваа студија, комплетот за збогатување на РНК за макро и микро-тест патогени е високо препорачан за истражувања на метагеномски надзор.
Со ефикасно осиромашување на нуклеинските киселини на домаќинот и збогатување на микробните секвенци, комплетот значително ја подобрува чувствителноста на детекција и квалитетот на податоците. Тој претставува суштинска алатка за точно откривање на патогени во сложени примероци и обезбедува робусна техничка поддршка за надзор на јавното здравје, проценка на зоонотичниот ризик и подготвеност за епидемија.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Време на објавување: 02.03.2026